۱. تحلیل شخصیت خیام بررسی آراء فلسفی ادبی مذهبی و علمی عمر بن ابراهیم خیام • انتشارات کیهان، چاپ اول، تهران، ۱۳۶۵ش. • انتشارات کیهان، چاپ دوم، تهران، ۱۳۶۸ش.

۲. تحقیقی در فلسفه علم • موسسه انتشارات علمی دانشگاه صنعتی شریف، چاپ اول، تهران، ۱۳۷۲ش.

۳. ترجمه و تفسیر نهج البلاغه • دفتر نشر فرهنگ اسلامی، چاپ اول، تهران، ، 21 جلد

۴. از دریا به دریا کشف الابیات مثنوی سرشناسه: محمدتقی جعفری تبریزی • وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، چاپ اول، تهران، ۱۳۶۴ش.، 4 جلد

۵. تعبد و تعقل در فقه اسلامی • کنگره بزرگداشت دویستمین سالگرد میلاد شیخ اعظم انصاری، دبیرخانه، چاپ اول، قم، ۱۳۷۳ش.

۶. حکمت، عرفان و اخلاق در شعر نظامی گنجوی • انتشارات کیهان، تهران، ۱۳۷۰ش.

۷. علم و دین در حیات معقول • کانون علم و دین، چاپ اول، تهران، ۱۳۶۹ش.

۸. حکمت اصول سیاسی اسلام ترجمه و تفسیر فرمان مبارک امیر المومنین علی بن ابیطالب علیه السلام به مالک اشتر • بنیاد نهج البلاغه، چاپ دوم، تهران، ۱۳۷۳ش.

۹. الرضاع تقریر بحث سیدنا الأستاذ الحجة آیة الله العظمی السید میرزا عبد الهادی الحسینی الشیرازی تقریر درس: آیة الله سید عبدالهادی شیرازی • مطبعة الحیدریة، نجف، ۱۳۷۲ق.

۱۰. حرکت و تحول مجموعه مقالات • فجر، چاپ اول، تهران، ۲ش.

۱۱. علم در خدمت انسان • نور، تهران، ۱۳۴۳ش.

۱۲. حیات معقول • بنیاد انتقال به تعلیم و تربیت اسلامی، تهران، ۱۳۶۱ش.

۱۳. فرازهایی جذاب و خواندنی از امام علی (ع) • جهان آراء، چاپ هفتم، تهران، ۱۳۸۲ش.

۱۴. فلسفه و هدف زندگی • کتابخانه صدر، تهران، ۱۳۶۸ش.

۱۵. نیایش امام حسین علیه السلام در صحرای عرفات • نیایش حسین (ع) در بیابان عرفات با خدایش، مرکز انتشارات دار التبلیغ اسلامی، قم • موسسه تدوین و نشر آثار علامه جعفری، تهران، ۱۳۸۲ش.

۱۶. امام حسین (ع) شهید فرهنگ پیشرو انسانیت گردآورنده: علی جعفری • موسسه تدوین و نشر آثار علامه جعفری، چاپ چهارم، تهران، ۱۳۸۱ش.

۱۷. وجدان • نشر کرامت، چاپ دوم، تهران، ۱۳۷۵ش.

۱۸. خدا و جهان و اسلام از دیدگاه علی بن ابیطالب(ع) و نهج البلاغه • کنگره هزاره نهج البلاغه، تهران، ۱۳۵۹ش.

۱۹. علم از دیدگاه اسلام • سازمان پژوهشهای علمی و صنعتی ایران، روابط عمومی، چاپ اول، تهران، شهریور ۱۳۶۰ش.

۲۰. شناخت انسان در تصعید حیات تکاملی به کوشش: بنیاد انتقال به تعلیم و تربیت اسلامی • امیرکبیر، چاپ دوم، تهران، مهر ۱۳۶۲ش.

۲۱. فلسفه دین • موسسه فرهنگی اندیشه، چاپ اول، تهران، ۱۳۷۵ش.، با مقدمه: محمد رضا اسدی • پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، تهران، ۱۳۸۵ش.

۲۲. شناخت از دیدگاه علمی و از دیدگاه قرآن • دفتر نشر فرهنگ اسلامی، قم، اردیبهشت ۱۳۶۰ش.

۲۳. زیبائی و هنر از دیدگاه اسلام • سازمان تبلیغات اسلامی، حوزه هنری، تهران، ۱۳۶۹ش.

۲۴. مولوی و جهان بینی ها در مکتبهای شرق و غرب • مؤسسه انتشارات بعثت، چاپ دوم، تهران، ۲ش.

۲۵. طرح ژنوم انسانی و پاسخ به سوالات اعلامیه جهانی ژنوم انسانی و حقوق بشر • موسسه تدوین و نشر آثار علامه جعفری، تهران، ۱۳۸۱ش.

۲۶. حرکت و تحول از دیدگاه قرآن • بنیاد قرآن، تهران، ۱۳۶۰ش.

۲۷. جبر و اختیار • ولی عصر (عج)، تهران، ۲ش.

۲۸. عوامل جذابیت سخنان جلال الدین محمد مولوی • موسسه تدوین و نشر آثار علامه جعفری، تهران، ۱۳۸۲ش.

۲۹. موسیقی از دیدگاه فلسفی و روانی • یاران علوی، تهران، ۱۳۸۲ش.

۳۰. مقدمه ای بر شناسائی اسلام • بنیاد بعثت،و‌احد تحقیقات‌ ‌اسلامی‌، تهران، ۱۳۶۱ش.

۳۱. قرآن، نماد حیات معقول به کوشش: علی جعفری، کریم فیضی • موسسه تدوین و نشر آثار علامه جعفری، تهران، ۱۳۸۲ش.

۳۲. فرهنگ پیرو و فرهنگ پیشرو • فرهنگ پیرو ، فرهنگ پیشرو، شرکت انتشارات علمی و فرهنگی، چاپ اول، تهران، ۱۳۷۳ش. • موسسه تدوین و نشر آثار علامه جعفری، چاپ اول، تهران، ۱۳۷۹ش.

۳۳. عقل و عقول و عاقل و معقول و [نظریه‌ جلال‌الدین‌ درباره‌ آنها] • نهضت زنان مسلمان، تهران، ۱۳۵۹ش.

۳۴. تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی جلال الدین محمد بلخی سرشناسه: محمد تقی جعفری تبریزی • شرکت سهامی انتشار، تهران، ۱۳۴۹ش.، 15 جلد

۳۵. آفرینش و انسان • دار التبلیغ الإسلامی، تهران، ۱۳۵۱ش.

۳۶. مجمع الرسائل مقرر: محمد تقی ایروانی، شیح محمد جواهری تقریر درس: آیة الله سید ابوالقاسم موسوی خویی • موسوعة الأمام الخوئي، موسسه الخوئی الاسلامیة، ۱۴۴۰ق. برابر 2018م.، 50 جلد، به کوشش: الشهید الشیخ میراز علی الغروی

۳۷. تحلیلی از دیدگاههای فلسفی فیزیکدانان معاصر (مقدمه) نویسنده: مهدی گلشنی • پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی، چاپ چهارم، تهران، ۱۳۸۵ش.

۳۸. سرگذشت اندیشه ها مترجم: عبدالرحیم گواهی • دفتر نشر فرهنگ اسلامی، چاپ اول، تهران، ۱۳۷۰ش.، 2 جلد

۱. یک عمر تلاش و اخلاص بی سر و صدا